11 ก.ค. 2564 นายเอกนิติ นิติทัณฑ์ประภาศ อธิบดีกรมสรรพากร ขอเรียนชี้แจงว่า “อาจจะเป็นการเข้าใจคลาดเคลื่อนก่อให้เกิดความเข้าใจผิดกับสาธารณชน กฎหมายกำหนดไว้ ตามมาตรา๘๑(๑)(ญ) แห่งประมวลรัษฎากร การให้บริการรักษาพยาบาลของสถานพยาบาลตามกฎหมายว่าด้วยสถานพยาบาล ได้รับการยกเว้นภาษีมูลค่าเพิ่ม ดังนั้นโรงพยาบาลเอกชน จึงได้รับการยกเว้นภาษีมูลค่าเพิ่ม โรงพยาบาลเอกชน จึงไม่สามารถเรียกเก็บภาษีมูลค่าเพิ่มจากวัคซีนทางเลือก ที่ให้บริการแก่ประชาชนได้ 

สำหรับผู้ประกอบการที่อยู่ในระบบภาษีมูลค่าเพิ่ม เมื่อมีภาษีซื้อที่เกิดจากต้นทุนการซื้อ สามารถนำมาขอคืนภาษีมูลค่าเพิ่มได้ตามปกติ ซึ่งกรมสรรพากร จะรีบดำเนินการคืนให้โดยรวดเร็ว สำหรับภาษีเงินได้นิติบุคคลของโรงพยาบาลเอกชน หากโรงพยาบาลเอกชนมีกำไรจากการประกอบการ ก็เป็นหน้าที่ปกติของผู้ประกอบการโรงพยาบาลเอกชนที่จะต้องเสียภาษีเงินได้จากกำไรเช่นเดียวกับผู้ประกอบการอื่น ๆ”