สาเหตุหลักของปัญหาฟันผุ คือ แบคทีเรียในช่องปาก ซึ่งในวาซาบิมีสารไอโซไทโอไซยาเนตที่อาจมีฤทธิ์ต้านเชื้อแบคทีเรียบางชนิดได้ โดยมีงานวิจัยหนึ่งจากประเทศญี่ปุ่นศึกษาในด้านนี้แล้วพบว่า สารไอโซไทโอไซยาเนตในวาซาบิอาจมีฤทธิ์ยับยั้งการเจริญเติบโตของเชื้อแบคทีเรียสเตร็ปโตค็อกคัสมิวแทนส์ (Streptococcus Mutans) ที่ทำให้เกิดฟันผุได้
    อย่างไรก็ตาม แม้กระทรวงสาธารณสุขไทยเผยว่า วาซาบิมีสรรพคุณทางยาที่อาจนำไปประยุกต์ใช้เป็นส่วนผสมของยาสีฟันเพื่อป้องกันปัญหาฟันผุได้ในอนาคต แต่ขณะนี้ยังมีงานวิจัยที่ศึกษาคุณประโยชน์ของวาซาบิต่อการป้องกันฟันผุเพียงจำนวนน้อยเท่านั้น.